Murad IV qua đời năm 1640 bởi căn bệnh gan mãn tính, hưởng thọ 27 tuổi. Trước khi chết, ông đã ra lệnh xử tử người em trai là Ibrahim I (1640-1648), nhưng điều này không được thực hiện. Người ta cho rằng, Murad IV ra lệnh này là do ông biết rằng Ibrahim, một người có bệnh, sẽ lên ngôi và sẽ trở thành một vị hoàng đế kém cỏi, đồng nghĩa với sự suy vong của Đế quốc Ottoman.